Screener do Yahoo:
Sim, funciona on-line, porque usa sempre os dados mais recentes disponíveis no momento em que se pede cada busca. (Não actualiza on-line os resultados de buscas já efectuadas.)
Não funciona no teu PC? É sempre o velho problema dos Java. Neste caso é usado um Java da Sun que nem sempre se porta bem com todos os Windows.
Screener da MSN:
Depois de instalado funciona imediatamente, mas não me parece que use sempre dados actualizados. Pelo menos dá essa sensação porque na pág. de download eles escrevem:
Downloading the Portfolio Manager for the first time will take approximately 2½ minutes on a 56K modem. Downloading an update will only take a few moments.
Dados fundamentais históricos no Yahoo:
Pelo que sei não é possível obter dados em ficheiro csv como para as cotações.
No entanto é possível obte-los em html e depois, se se quiser, pode-se transformar (de forma mais ou menos automatizada

) esses dados para qualquer formato.
Vê por exemplo:
http://finance.yahoo.com/q/is?s=t